Tokyo Ghoul Season 2 melanjutkan cerita Ghoul-ghoul dari Anteiku yang menyerbu markas Aogiri untuk menyelamatkan Ken Kaneki yang sedang disiksa. Akibat provokasi, ia melepaskan kekuatan yang lebih besar hingga mampu mengalahkan Yamori. Untuk menjadi lebih kuat, ia memutuskan bergabung dengan Aogiri dan meninggalkan Anteiku. Penyelidik ghoul juga mulai bergerak dengan mengumpulkan informasi tentang ghoul bermata satu Ken Kaneki.