
Pada suatu hari di bulan Desember yang dingin, Kyon tiba di sekolah, bersiap untuk jalan-jalan lagi bersama rekan-rekan anggota Brigade SOS-nya. Namun, ia terkejut ketika mendapati hampir semuanya telah berubah total Haruhi Suzumiya dan Itsuki Koizumi menghilang; Mikuru Asahina sama sekali tidak mengenalinya; Yuki Nagato hanyalah manusia biasa; dan Ryouko Asakura telah kembali secara misterius. Meskipun ia terbiasa dengan hal-hal supernatural, Kyon terusik oleh kejadian aneh ini dan memutuskan untuk menyelidikinya sendiri.
Menyadari dirinya sebagai satu-satunya orang yang menyadari kenyataan sebelumnya, Kyon kini dihadapkan pada pilihan sulit akhirnya menjalani kehidupan normal yang selalu ia inginkan, atau menemukan cara untuk memutar balik waktu dan memulihkan dunianya yang kacau namun familiar.