
Shinji Ikari mengalami koma emosional setelah kematian seorang sahabat karib. Dengan putranya yang secara mental tidak mampu mengemudikan robot humanoid Evangelion Unit-01, NERV Gendou Ikari berpacu melawan organisasi bayangan SEELE untuk melihat siapa yang dapat melaksanakan rencana pamungkas mereka terlebih dahulu. SEELE ingin menciptakan makhluk seperti dewa dengan menggabungkan jiwa mereka sendiri ke dalam unit Evangelion, sementara Gendou ingin mengembalikan seluruh umat manusia menjadi satu makhluk primordial agar ia dapat dipersatukan kembali dengan Yui, mendiang istrinya.
SEELE mengerahkan pasukan militernya dalam invasi mematikan ke markas NERV. Saat pasukan SEELE menghabisi para ilmuwan dan personel keamanan NERV, Asuka Langley Souryuu mengemudikan Evangelion Unit-02 dalam perlawanan terakhir yang putus asa melawan persenjataan terberat SEELE.
Pertempuran berkecamuk, dan Shinji yang depresi bersembunyi jauh di dalam markas NERV. Dengan nasib dunia berada di tangan Shinji, Kapten Misato Katsuragi memburu remaja laki-laki itu saat masyarakat di sekitar mereka runtuh.