
Di dunia yang dipenuhi pesawat dan kapal udara, Sheeta adalah seorang gadis muda yang diculik oleh agen pemerintah yang mencari jimat kristal misteriusnya. Terjebak di dalam kapal udara, ia mendapati dirinya tanpa harapan, hingga kapal tersebut diserbu oleh bajak laut. Memanfaatkan kebingungan yang terjadi, Sheeta berhasil melarikan diri dari para penculiknya.
Dalam pelariannya, ia bertemu Pazu, seorang anak laki-laki yang bermimpi mencapai istana terbang legendaris, Laputa. Keduanya memutuskan untuk memulai perjalanan bersama untuk menemukan istana di langit tersebut. Namun, mereka segera menemukan agen pemerintah kembali membuntuti mereka, karena mereka juga berusaha mencapai Laputa untuk tujuan serakah mereka sendiri.