
Lima tahun lalu, gelembung-gelembung yang melawan gravitasi dengan kekuatan misterius menghujani bumi. Setelah ledakan dahsyat yang tak diketahui asal usulnya, Tokyo menjadi titik nol, dengan kota yang terkurung dalam gelembung raksasa. Akibat fenomena “Jatuh Gelembung” ini, kota metropolitan yang dulunya ibu kota Jepang tenggelam di lautan yang melawan gravitasi; pemerintah mendeklarasikannya sebagai zona terlarang, dan penduduknya pun meninggalkannya.
Anak-anak yatim piatu akibat Jatuh Gelembung kini hidup-hidup di Tokyo, terlibat dalam pertarungan tim parkour yang berbahaya di gedung-gedung kota yang bobrok. Hibiki, seorang jagoan berbakat dalam permainan ini dengan kemampuan melompat di antara gelembung, mengaku dapat mendengar suara dari Menara Tokyo. Bertekad untuk mengungkap misterinya, ia berangkat menuju sumbernya, tetapi ia jatuh ke air di bawahnya.
Seorang gadis aneh, yang kemudian ia panggil Uta, menyelamatkannya. Namun, Hibiki tak tahu bahwa kemunculan Uta dalam hidupnya akan mengungkap rahasia di balik peristiwa bencana yang mengubah dunia mereka selamanya.