
Tiga tahun setelah perang, Mahito Maki kehilangan ibunya dalam kebakaran tragis di rumah sakit. Tak lama kemudian, ayahnya menikahi Natsuko, adik perempuan ibu Mahito. Mereka membawa Mahito keluar dari Tokyo untuk mencari perlindungan di rumah keluarga mendiang ibunya di pedesaan. Di sana, Mahito terus-menerus diejek oleh seekor bangau abu-abu aneh, yang tampaknya tertarik padanya.
Tidak dapat menerima kehilangannya dan berjuang untuk menyesuaikan diri dengan kehidupan baru di tempat yang asing, anak laki-laki itu terkejut mengetahui bahwa Natsuko sedang hamil. Lebih parah lagi, bangau yang menyebalkan itu dapat berbicara dan mengklaim bahwa ibu Mahito masih hidup. Setelah membujuknya ke sebuah menara misterius di dekat kediaman, bangau itu mengatakan bahwa Mahito dapat menyelamatkannya dari kematian, tetapi anak laki-laki itu tidak mudah terpengaruh.
Namun, ketika Natsuko menghilang suatu hari, Mahito melihatnya berjalan ke menara dan terdorong untuk masuk untuk menyelamatkannya. Ia segera mendapati dirinya jatuh ke dunia lain di bawahnya, di mana hidup dan mati seakan saling terkait. Saat ia menjelajahi dunia asing ini untuk menemukan Natsuko, Mahito harus memahami arti hidup jika ia ingin pulang dengan selamat.