Kaoru Hana wa Rin to Saku – Akademi Swasta Kikyo yang khusus perempuan dan SMA Negeri Chidori bagaikan dua kutub yang bertolak belakang. Dengan sejarahnya yang bergengsi, Kikyo dididik oleh para wanita muda bangsawan dari keluarga terpandang, sementara Chidori terkenal penuh dengan anak-anak berandalan yang berpikiran sederhana. Tak heran jika para siswa mereka berselisih paham karena perbedaan mereka.
Bertubuh jangkung dan berpenampilan garang, Rintarou Tsumugi, siswi Chidori, sering dijauhi orang lain meskipun ia baik hati. Suatu hari, saat membantu di toko kue keluarganya, ia bertemu seorang pelanggan yang, setelah beberapa saat, melarikan diri. Keesokan harinya, pelanggan itu kembali untuk meminta maaf kepada Rintarou, memperkenalkan dirinya sebagai Kaoruko Waguri yang ceria.
Setelah menghabiskan waktu bersama Kaoruko, Rintarou bersyukur karena ia tidak menghakiminya berdasarkan penampilannya dan menantikan saat mereka akan bertemu lagi. Namun, ketika Rintarou mengetahui Kaoruko bersekolah di Kikyo, hubungan mereka akan menantang ekspektasi dan dinamika sosial di sekitar mereka.












